于是后醍醐天皇持三神器逃出京都出奔奈良，在奈良的吉野起兵，结果战败被镰仓幕府流放到隐岐岛，又从支持幕府的持明院统立了一位天皇即光严天皇。
后来后醍醐天皇在海商名和长年的帮助下再次举兵讨幕，镰仓幕府的执权北条守时就派足利高氏征讨，但足利高氏却倒向了后醍醐天皇，镰仓幕府直接被推翻。光严天皇被尊为上皇，后醍醐天皇掌权。
为什么说后醍醐天皇是个白痴？原因就在他倒幕成功后的表现。鉴于天皇的权力被幕府架空这一现实，后醍醐天皇废除了沐府和摄关制度，建立了天皇独裁政权。
这本来没什么问题也是正常的。可他千不该万不该在没有彻底掌控绝对实力前就进行激进的改革。他的改革严重侵犯了贵族、大寺社、武士阶层不说还朝令夕改。再加上他可能对两大系统的公卿有意见就对帮助他倒幕的公卿恩赏不公。
结果可想而知，后醍醐天皇几乎众叛亲离。在足利高氏反叛后，后醍醐天皇战败，他本人持三大神器逃往奈良开设南朝，日本进入南北朝时期。北朝是由足利高氏组成的室町幕府主政，并立持明院统出身的光明天皇。
关于这点不能不说后醍醐天皇的弱智，当时日本的公卿贵族因为见到他成功推翻了幕府有收回皇权的希望已经倾向他了。他要是为人公正和持明院统做点政治妥协绝对能获得绝大部分人的支持，然后巡回渐进式的改革绝对不至于战败而导致皇权再次旁落。
1339年，后醍醐天皇让位义良亲王（后村上天皇）并叮嘱讨灭朝敌，夺回京都。到了南朝第四代后龟山天皇，经过几十年的战争，南朝开始衰弱，统一已经成了大势。
于是南北朝开始和解。在和解时规定，南朝交出三件神器（持神器的天皇才有合法性），天皇交替继位。即由南朝系大觉寺统和北朝系持明院统交替继承皇位。但室町幕府并没有把协议告知北朝皇室，强行将南北朝合并压下北朝皇室的不满将后龟山天皇尊为太上皇立他的儿子小仓宫恒敦亲王为皇太子。
出生于南北朝战争时期的后小松天皇非常讨厌南朝皇室一系，但没办法改变什么，最后一咬牙将皇位提前传给了自己十二岁的儿子躬仁亲王即称光天皇，自己任上皇。
已经退位的后龟山法皇对此十分不满，认为持明院统和室町幕府违反了协议，就从京都出奔回到奈良的吉野召集旧部抗议。二年后在上野亲王（后龟山的弟弟）调解下后龟山法皇回到京都但在临死前嘱咐自己还在吉野的儿子小仓宫恒敦夺回皇位。
后来称光天皇去世并且没有子嗣，南朝皇室及支持者便向室町幕府要求在小仓宫亲王家选择新的皇位继承人，这个要求自然被持明院统和室町幕府无视了。后小松法皇把自己的侄子——伏见宫亲王的儿子推上皇位即后花园天皇。
北朝再次违反约定令南朝皇室与支持者及其不满，他们扶持了小仓宫恒敦之子小仓宫圣承（后龟山天皇的孙子）在吉野起兵，结果战败。
小仓宫圣承被迫回到京都，他的儿子十二岁的小仓宫教尊也被迫出家。后来小仓宫教尊因为被怀疑参加了震惊日本的禁阙之变，即1443年9月一心复兴南朝的日野家等势力企图暗杀后花园天皇而闯入御所（暗杀未遂），但夺走了三神器中的剑和玺。因此小仓宫圣承唯一的儿子小仓宫教尊被流放隐岐岛。
接下来几十年，不甘心的南朝势力扶持后龟山天皇兄弟的子嗣接连叛乱又接连的被镇压下去，每次镇压就被杀一批，渐渐南朝的皇嗣被杀的精光。但远离日本本土的小仓宫家却未受到影响，不过小仓宫家在日本的影响力也随着近两百年时间的流逝也消耗的一干二净。这就是小仓宫的来历。也就是说小仓宫家是毋庸置疑的日本正统并且后世包括天皇一家的所有日本人也承认这一点。
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