朱慈烺以血腥的大屠杀来威慑异心者，接着命令锦衣卫揪出几个混入文官队伍中的间谍进行残酷的刑讯才将党争的苗头彻底摁了下去。
这批人，朱慈烺不是很想用，可不说为了以后接纳贤才和他们身后所代表的势力但是有些人的能力也是他需要的，更何况自己也严重缺少人手。
长期以来，不管李士淳等人都是身兼数职甚至刚到大理寺的何腾蛟也不得不兼任刑部来缓解其他人的压力。
这种即当裁判又当运动员的方式绝对行不通。这也是完全靠他们的个人道德操守来保持清廉公正。短时间可行，但长时间的话，朱慈烺可不敢赌他们个人品行的可靠性。
政府架构最终还需要制度与法律来运行。关于这点不止李士淳说过，其他人也上奏折说过。
可朱慈烺鉴于朱由崧肆意无功赏爵导致大将跋扈不听命令，而且还根据合不合心意来任命官员导致很多官员不满，所以他不敢在对方无政绩、无军功的情况下就任命高官给予厚禄。
官员方面除了李士淳以帝师的名义入阁，其他的官员只要政绩不够都不会获得高官，最高者也不过是侍郎然后以侍郎署尚书事。
武将方面，但凡有大战功的才会封爵。到目前为止，也就秦良玉封侯，其他的如李自成的夫人高桂英因配合重组大顺军封伯，炮兵指挥官安东（葡萄牙人）被封子爵，杨国威因安南、荆州、武昌战事还没累计到伯爵，其他人更不用说了。
朱慈烺重新厘定了爵位相关的待遇，基本和文官的类同，导致爵位含金量很高，许多武将都很期望获得昭和朝的爵位。（朱慈烺不承认弘光帝赏赐的爵位以及投降建奴者的爵位）
原本朱慈烺打算成立一个政治学院先让新来的这批人熟悉一些新政策再上任。
可李士淳劝说先缓缓，因为昭和朝的大臣大都位卑权重，让新来者的心非常热，毕竟他们中很多人的品级官位原本都很高。这也照成了他们期望的也很高。要是不立即处理的话，期望就会变成失望，那时候绝对是一场危机。
还有就是朱慈烺以前和李士淳说过的因人手不足而耽搁的政体改革也时机成熟了。因为新来官员的气势完全被压下去了，不会有太大的反对声。
如果等收复南京或北京再找机会的话很可能因为牵扯利益太多而陷入无限的扯皮中。这要消耗大量的精力也要做很多的妥协。朱慈烺和李士淳可不希望变成那样。
于是朱慈烺上任皇帝后的第一次大朝会在回长沙的第二天召开。主要的任务是廷推阁臣，各部政务重新划分以及任命各部尚书。
会议进行了整整三天，经过不断的争吵与妥协后，决定任命：李士淳为中极殿大学士内阁首辅，阁员有建极殿大学士（次辅）高宏图，文华殿大学士吕大器，武英殿大学士何腾蛟，文渊阁大学士秦良玉，东阁大学士袁继咸，增设内阁经济调查司，主事张鹤（二狗子）。
秦良玉是朱慈烺硬抬入阁的，这也是为了平衡内阁派系。吕大器、袁继咸是东林派，高宏图、何腾蛟中立，李士淳、秦良玉为帝系。
秦良玉的入阁，其他大臣颇有微词但她年龄太大，当不了几年阁臣也没精力处理太多政务才顺利入阁。
六部重新划分职责，任命吏部尚书罗万杰，增设。户部尚书瞿式佀，户籍归刑部，军需归兵部，耕地归农业部，新设中央银行归户部，货币发行也归户部。礼部尚书辜朝荐，教育归新设的教育部，尚书为刘宗周，太常（主祭祀、礼乐等）并入礼部，正式确立科举归礼部掌管。兵部尚书章旷，武将官籍及任命归新设的军机处，增设兵部军需后勤司主事张同敞，设陆军指挥学院，祭酒秦良玉，海军指挥学院祭酒沈延扬。刑部（改职责类似公安部）尚书扶纲，工部尚书宋应星，大理寺（类似最高法院）提正二品寺卿扶纲。都察院左都御史黄奇遇，增设调查司主事刘炳善。新设农业部，尚书是王锡衮。新设帝国安全部，负责国内外情报事务，尚书张思明。
光禄寺（主朝会、祭祀等膳食）、太仆寺（主车架、马政等）不再设，光禄寺的职责以及车架等归增设的内务府（主皇室财产），马政归兵部。
鸿胪寺（主外交）提正二品，寺卿为文安之。翰林院学士张家玉，钦天监汤若望。新设文宣部，尚书为桂王朱由榔下设通政司、报刊司、戏曲等审核司。新卫生部尚书黄道周下设太医院及大明医学院，从此所有医生需考核上岗。民政部尚书吴贞毓下设全部的慈善机构如养老院、育婴堂等以及具有工会的作用还协同吏部安排退役将士的工作安排，商务部尚书李直简兼任税务大臣，增设海关衙门。
废五军都督府设军机处，主职责领导大明武装力量。军机大臣李士淳、沐天波、瞿式佀、杨国威、李锦、秦拱明、郑芝龙。下设陆、海参谋部负责战略制定，军事训练，招兵及退役安排。增设军事情报局，指挥使王仰。
从此东厂、西厂成为历史，锦衣卫只负责皇室及正四品以上官员安全方面的工作。其中护卫可由官员自己挑选，隶属锦衣卫，暂时由张思明负责。
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