经过一个冬天的储备，弹药充足的朱慈烺决定趁梅雨季节到来前收复南京，所以天气刚回暖就誓师东下。
御前会议时，军机处分成两派，分歧很大，争执也异常激烈。
一派认为联合江西、福建兵马共计约三十万人。兵分三路，一路从九江沿长江南岸攻池州、铜陵、芜湖，一路从南昌出兵，沿鹰潭、饶州（今上饶）、衢州、金华、绍兴、杭州，最后一路沿丽水扫荡浙东，东两路最终会师与杭州，再直接北上湖州、苏州、常州，最终三路在南京会师，围攻南京。最后再经略两淮。
此时的浙江境内反清运动高涨，各民团众多，江浙百姓对王师的到来翘首以盼。再加上舟山还有张名振率领的水师，百万大军以压顶之势能在三月内围困南京。
至于后勤单单是海运就可以满足，这可以解放广东、广西、湖南的百姓，让他们安心种地。
再则苏杭是东南精华，天下税赋重地，早一日光复东南就早一日获取钱粮上的支持，也早一日避免更大的损失。也好积蓄粮草为北伐中原做准备。
另一派认为从汉口出兵，沿江东下先取安庆，军队分成两路，一路北上沿怀宁、桐城、庐州、淮南攻蚌阜经略两淮，一路继续沿江进逼扬州。同时南昌分出一部汇合九江军也沿南岸攻池州、铜陵、芜湖。水师并进。长江南要死死黏住多铎部不给他渡江的机会，争取将南下的建奴留在江南慢慢蚕食。
这样一来在江南的多铎部要么在完成合围前渡江北上，江南自然不战而下。要么被堵死在江南变成孤军，最终的结果是全军覆没。后一种的可能性很小，因为在江南的不但有蒙、汉八旗军还有满八旗的两旗。清廷绝对承担不起这么大的损失。
其实这两套方案，朱慈烺倾向于第二套，因为清末曾国藩剿灭太平天国就用的这套。
当时曾国藩失败几次后痛定思痛决心放弃东南沿长江打。这么做首先是地势，长江出蜀向东千里，有三大重镇，其中以荆州最重，扼守荆、襄即控长江中游，北窥中原。其次以武昌最重，九江次之。武昌控长江、汉水为荆、襄锁钥，自古为兵家必争之地。长江下游以南京最重、镇江次之。南京是长江下游的必经之地。它上有芜湖，下有钟山山脉一直连接到苏州，其余地方要么不是芦苇地就是崎岸危矶不能行军，要么水流湍急不能行舟。
现在对大明有利的一点是长江三重镇有两镇在大明手中。只要沿汉口下蕲春，沿宿、太攻安庆。
只要安庆一下，九江之围也就自动解了。不然在鹰潭的秦拱明向景德镇、池州方向挺进，朝廷的大军再分出一部渡江，多铎就面临两线作战且后路被切断的风险。
安庆被攻下那么战略空间就大了，可以北上庐州府（今合肥）取蚌埠即控制淮河中游，要是能取徐州、淮安基本上整个江南就下来了。从安庆向东就可以直捣南京了。
朱慈烺不怕像曾国藩似得一打十几年，那是因为曾国藩花了很长时间在政斗上面。
当时的满洲贵族湖广总督杨霈强烈反对曾国藩的战略，他认为先守荆、襄，布重兵于汉川，防止太平天国北上中原，驻守淮上的满将胜宝、袁三甲怕安庆的守军避战北上，他们抵挡不住也反对曾国藩的战略。
后来老曾在左宗棠、李鸿章以及胡林翼等人的帮助下才获取政斗的胜利。另外一个原因是失去李鸿章的淮军不听指挥。还有一个重要原因是安徽被淮军破坏的太严重了，导致无法就地征集粮草。
也不要听网络上的胡吹。曾国藩不会用兵甚至不知兵，没打过一次胜仗。他手下的湘军以宗亲故旧及残酷的军法维系，一旦军饷不够，军队立即哗变。
这支军队弱到什么程度？野战、攻城不堪一击，要是到了必须野战攻城那就让洋人雇佣兵上，等轰开城门就一拥而上取得大捷。要是洋人雇佣兵也无法攻克怎么办？就请在上海的洋人正规军上。最明显的例子是打南京时，洪秀全因手下内讧出走就剩下三千人守城，可围困南京的六万湘军竟然贪生怕死到不敢上前一步。南京一下，整座城池被屠戮一空。
曾国藩本人也极其嗜杀，他打太平天国时执行的是三光政策，即烧光、杀光、抢光。江南士民深受其害，特别是他每下一城就屠一城绝不留情。
在打安庆前夕，他还害怕他的弟弟曾国荃狠不下心来就特意写信告诫曾国荃：“克城以多杀为妥，不可假仁慈而误大事”。
曾国荃事后心有余悸就回信告诉他屠城并把安庆夷为平地这件事，你知道曾国藩怎么回信的？
“安庆克复，城贼诛戮殆尽，并无一名漏网，差快人心。”，一句无一名漏网，差快人心简直令人毛骨悚然。
南京被围时，守城的将领李秀成眼见南京粮草不足就希望湘军放妇孺老弱一马，可曾国藩却回复曾国荃说：“城内放出之妇幼，迪庵前在九江一概不收，扔送进城内。一则城内饥饿者多可致内乱。二则恐贼之眷口从此得生也。望弟参酌。”
迪庵即湘军名将李旭宾。意思是在九江的妇孺也不要收容全扔进南京，让城内
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